首先，準確鑒定病原菌、報告藥敏試驗結果，給臨床選擇用藥提供科學的參考依據，是我們微生物實驗室不可推卸的責任，但在藥物的選擇和實際應用過程中多了解一些微生物及藥理方面的知識，可能會對臨床治療起到事半功倍的效果。
特別是在痰及咽拭子的培養鑒定中，由于多種條件致病菌的存在，是否引起感染、是否需要抗菌治療，都需要臨床醫生綜合分析后判斷，
以下幾點是臨床工作中可能會遇到的問題：
1、有些臨床常用藥物藥敏試驗中沒有例：頭孢哌酮/舒巴坦為廣譜抗菌藥物，主要用于治療革蘭氏陰性桿菌，如大腸埃希菌等。
CLSI 規定其對腸桿菌科細菌的判定折點為≤15 耐藥，≥21 敏感，所以我們將其加入到腸桿菌科細菌藥敏譜中，但由于頭孢哌酮/舒巴坦對葡萄球菌等革蘭氏陽性球菌 CLSI 沒有判定折點，所以無法判定其對于葡萄球菌敏感或是耐藥，也不應該加入葡萄球菌藥敏試驗中。
2、有些新藥沒有列入藥敏譜首先，新藥由于剛剛推廣，還沒有列入 CLSI 的監測范疇，沒有依據加以判斷。其次，藥敏譜中各類各代抗生素都具有一定代表性，不能面面俱到，如喹諾酮類二代抗菌藥物環丙沙星在藥敏試驗中敏感，那么對于三代超光譜抗生素左氧氟沙星、司帕沙星等臨床醫生可根據需要加以選擇。
3、細菌的天然耐藥有些菌屬或菌種對某些抗菌藥物天然耐藥或固有耐藥，該耐藥性具有種屬特異性。
⑴腸球菌：對除青霉素、氨芐西林以外的所有青霉素類、頭孢菌素類抗生素天然耐藥。
⑵嗜麥芽窄食單胞菌：對亞胺培南（泰能）、美羅培南天然耐藥。
⑶肺炎鏈球菌：對氨基糖苷類抗生素天然耐藥。
⑷產氣腸桿菌和陰溝腸桿菌：對頭孢西丁天然耐藥。
⑸克柔念珠菌：對氟康唑天然耐藥。
⑹肺炎克雷伯菌：對氨芐西林天然耐藥。
⑺銅綠假單胞菌：對氨芐西林、阿莫西林、阿莫西林/棒酸、復方新諾明、頭孢 1 代、頭孢 2 代天然耐藥。更為特殊的是，銅綠假單胞菌對三代的頭孢噻肟和頭孢曲松即使藥敏試驗敏感，在實際臨床 治療中也需要超大劑量才會取得療效，但人體對超大劑量的三代頭孢不具有長時間的耐藥性。
銅綠假單胞菌有對很多藥物的誘導耐藥性，在初期可能沒有表現出來，一旦接觸某種抗生素，沉睡的基因被激活，耐藥性表現出來，這種特性在 β -內酰胺類抗生素中尤為明顯，可能在體外試驗敏感，在實際治療中卻無效，所以采用頭孢噻肟和頭孢曲松進行治療時就要冒險，這在臨床上是首先要規避的。
充分了解抗菌藥物體內療效與體外藥敏試驗的差異和藥敏試驗的局限性，意在找到一定的原因和規律性，在使用廣譜抗菌藥物之前，應先采集標本送檢，再根據藥敏試驗結果和臨床療效調整給藥方案，使臨床應用抗菌藥物趨向合理，減少用藥的盲目性和隨意性，提高疑難危重病人的救治成功率。
合理使用抗菌藥物需要綜合考慮多方面因素，絕不是一份藥敏試驗報告所能完全概括的，其中的臨床思維和臨床操作都十分復雜，要想使我們的抗生素應用更加科學、合理、有效，這需要微生物實驗室和臨床科室的共同努力，我們也將不斷學習、更新微生物檢測、試驗及藥理方面的知識，力爭為臨床科室提供更有價值的參考依據。