引起心內膜感染的因素有：
防御機制的抑制：
例如腫瘤患者使用細胞毒性藥物和器官移植患者用免疫抑制劑時。病因包括各種細菌、真菌及貝納特考克斯體(coxiella burnettii)等。臨床經過與病原微生物有關，傳統分為急性和亞急性兩類，其臨床經過及病理變化均有所不同。急性感染性心內膜炎(acute infective endocarditis)是由于被累心內膜常有潰瘍形成，故又稱為潰瘍性心內膜炎(ulcerative endocarditis)。此類心內膜炎起病急劇，多由毒力較強的化膿菌引起(急性細菌性心內膜炎，acute bacterial endocarditis)，其中大多為金黃色葡萄球菌，其次為化膿鏈球菌。通常病原菌先在機體某局部引起化膿性炎癥(如化膿性骨髓炎、癰、產褥熱等)，當機體抵抗力降低時(如腫瘤、心臟手術、免疫抑制等)病原菌則侵入血流，引起敗血癥并侵犯心內膜。此型心內膜炎多發生在本來正常的心內膜上，多單獨侵犯主動脈瓣，或侵犯二尖瓣。
病原體感染：
因細菌、真菌和其它微生物(如病毒、立克次體、衣原體、螺旋體等)直接感染而產生心瓣膜或心室壁內膜的炎癥，有別于由于風濕熱、類風濕、系統性紅斑性狼瘡等所致的非感染性心內膜炎。