快原子轟擊電離質譜儀種類有多種。
1、按分析目的可分：快原子轟擊電離實驗室質譜儀和快原子轟擊電離工業質譜儀。
2、按質量分析器的時空屬性可分：快原子轟擊電離時間型質譜儀和快原子轟擊電離空間型質譜儀。
3、按結構可分：臺式快原子轟擊電離質譜儀和落地式快原子轟擊電離質譜儀。
4、按聯用方式可分：快原子轟擊電離液相色譜質譜聯用儀、快原子轟擊電離毛細管電泳質譜聯用儀和快原子轟擊電離多級質譜儀等。
5、按用途可分：快原子轟擊電離生物質譜儀、快原子轟擊電離制藥質譜儀、快原子轟擊電離化工質譜儀、快原子轟擊電離食品質譜儀、快原子轟擊電離蛋白質質譜儀、快原子轟擊電離多肽質譜儀、快原子轟擊電離氨基酸質譜儀、快原子轟擊電離核酸質譜儀、快原子轟擊電離RNA質譜儀和快原子轟擊電離DNA質譜儀等。