系統性紅斑狼瘡關節炎的治療應強調個體化原則，努力做到以最小的副作用達到最好的治療效果。
1.一般治療
進行心理治療，保持樂觀情緒。急性期臥床休息，病情穩定后適當工作、活動；及早發現和預防感染；避免使用誘發狼瘡的藥物（如避孕藥等）；避免日光暴曬、紫外線照射；注意妊娠可誘發系統性紅斑狼瘡活動。
2.非甾類抗炎藥
此類藥物具有抗炎、止痛和解熱作用。不良反應為消化道不適、皮疹、轉氨酶升高或腎損害等。應觀察其不良反應，不宜療程過長。狼瘡腎病者慎用此類藥物，以免加重腎損害。
3.抗瘧藥
包括氯喹和羥氯喹。具有抗炎、免疫抑制、抗光過敏和穩定核蛋白的作用。此類藥物排泄緩慢，易在角膜和視網膜沉積，引起病變，故在治療期間要定期進行眼科檢查。
4.糖皮質激素
具有抗炎、抗增生及免疫抑制作用。對不宜選擇非甾類抗炎藥的系統性紅斑狼瘡關節病變患者可選用。
5.改變病情藥物
具有延緩、阻止或修復關節病變的作用，而不具有即刻抗炎、止痛作用。