１、對無癥狀、室間隔肥厚不明顯及心電圖正常者暫行觀察。
2、避免劇烈運動
特別是競技性運動及情緒緊張。
3、藥物治療
避免應用洋地黃制劑、硝酸甘油、異丙腎上腺素等藥物。
（1）β受體阻滯劑 心得安、氨酰心安、美托洛爾、比索洛爾。
（2）鈣離子拮抗劑 異搏定、硫氮卓酮。
（3）抗心衰治療（終末期） 可用利尿劑及擴血管藥。
（4）抗心律失常 乙胺碘呋酮、雙異丙比胺，有抗心律失常及負性肌力作用。
4、室間隔肌切除術
對藥物治療無效，左室流出道嚴重梗阻者適用。
5、雙腔起搏
預后尚難確定。
6、經皮腔間隔心肌化學消融術（PE-MA）
是將無水乙醇經導管注入供應室間隔心肌組織的間隔支血管，造成人為的間隔心肌梗死，以緩解左室流出道梗阻，是近年治療HCM的一種新方法。
7、預防猝死
對于高危患者，除避免劇烈運動和藥物治療外，還應安裝植入式心臟復律除顫器。