曲菌球對抗真菌藥物治療通常無效，應及早手術治療。
變態反應性支氣管肺曲菌病患者經抗真菌藥物治療，對支氣管內曲菌有一定療效，但易復發。皮質類固醇是目前治療本病最有效的藥物，可抑制變態反應發生，減少痰液，不利于曲菌種植。口服強的松有助于肺浸潤吸收，也可聯用二性霉素B，常用氟美松和二性霉素B加入生理鹽水中霧化吸入。對頑固性患者可作支氣管鏡沖洗，吸出分泌物，保持氣道通暢，提高藥物的療效。
IPA患者采用抗真菌藥物治療。首選兩性霉素B，可聯合利福平口服，兩者聯用有協同作用。也可應用氟胞嘧啶。伊曲康唑抗真菌活性強，對曲菌療效肯定。對于頑固性、復發性、侵入性肺曲菌病患者，病灶局限者可作肺部分切除。