上呼吸道、口腔的感染灶必須加以根治。口腔手術時，應將分泌物盡量吸出。昏迷或全身麻醉患者，應加強護理，預防肺部感染。早期和徹底治療是根治肺膿腫的關鍵。
治療原則為抗炎和引流。
1、抗生素
治療急性肺膿腫的感染細菌包括絕大多數的厭氧菌都對青霉素敏感，療效較佳，故最常用。劑量根據病情，一般急性肺膿腫經青霉素治療均可獲痊愈。脆性類桿菌對青霉素不敏感，可用林可霉素肌內注射；病情嚴重者可用靜脈滴注。或氯林可霉素口服。或甲硝唑口服。嗜肺軍團桿菌所致的肺膿腫，紅霉素治療有良效。在全身用藥的基礎上，加用局部治療，如環甲膜穿刺、鼻導管氣管內或纖維支氣管鏡滴藥，常用青霉素，滴藥后按膿腫部位采取適當體位，靜臥1小時。
血源性肺膿腫為膿毒血癥的并發癥，應按膿毒血癥治療。
2、痰液引流
祛痰藥口服，可使痰液易咳出。痰濃稠者，可用氣道濕化如蒸氣吸入、超聲霧化吸入等以利痰液的引流。患者一般情況較好，發熱不高者，體位引流可助膿液的排出。使膿腫部位處于高位，在患部輕拍，有明顯痰液阻塞征象，可經纖維支氣管鏡沖洗并吸引。
3、外科治療
支氣管阻塞疑為支氣管癌者；慢性肺膿腫經內科治療3個月，膿腔仍不縮小，感染不能控制；或并發支氣管擴張、膿胸、支氣管胸膜瘺；大咯血有危及生命之虞時，需作外科治療。