設立陽性對照，即用已知陽性細胞或組織切片做陽性標志，實驗結果應呈陽性，表明實驗方法準確可靠。同時要設立陰性對照，即用已知陰性細胞或組織切片作陰性對照，實驗結果應呈陰性，表示實驗方法無假陽性結果；也可以用實驗細胞或組織切片，不加標記的dUTP（直接法），PCR結果顯示陰性，或不加引物或不加TaqDNA聚合酶等，結果均應陰性。
原位PCR中直接法和間接法有何異同
直接法：進行原位PCR擴增以前，把同位素或非同位素(常用)標記的核苷(如dig-dUTP及Biotin-dUTP)標記的底物或引物5’末端連接標記物加入PCR反應液中，隨著擴增的進行，標記的核苷或引物直接摻入到PCR產物中，然后免疫組化直接進行檢測。間接法：先進行細胞內目的DNA基因原位擴增，然后用標記的探針進行核酸分子原位雜交以定位檢測擴增的DNA的技術，步驟相對較多，需時長，但結果可靠。
獲得特異原位PCR結果需要考慮哪些關鍵因素
原位PCR技術操作包括了組織學技術、PCR技術、原位雜交技術及免疫組化學技術，因此在復雜的操作過程中，有很多因素影響實驗結果。要考慮的一些關鍵因素有待檢組織的有效固定，在PCR前的組織預處理包括酶消化使核酸有效暴露，PCR環節中要設計特異的擴增引物、Mg2+的濃度、TaqDNA聚合酶用量、反應循環參數。間接法中用原位雜交檢測時考慮探針濃度、抗體濃度和顯色時間。
原位PCR中的組織預處理和原位雜交是否相同
要獲得理想的原位PCR結果，需要將待檢組織進行預處理使核酸充分暴露，這和原位雜交組織預處理的原則相同。因此原位雜交中的組織預處理步驟如HCL和蛋白酶處理等同樣適用于原位PCR。