阿米巴包囊是指阿米巴未成熟階段。包囊多見于隱性感染者及慢性患者糞便中，呈圓形、5～20μm大小，成熟包囊具有4個核，是溶組織阿米巴的感染型，具有傳染性。
未成熟的包囊有單核和雙核包囊，胞質中儲存的營養物質擬染色體和糖原團。鐵蘇木素染色后，擬染色體呈棒狀，糖原團被溶解，呈空泡狀；碘液染色后擬染色體不著色，而糖原團為棕黃色。
