常見的致病菌肺炎葡萄球菌、Koch-Weeks桿菌、表皮葡萄球菌、金黃色葡萄球菌及鏈球菌等。后兩種細菌平常可寄生于結膜囊內，不引起結膜炎，但在其他結膜病變及局部或全身抵抗力降低時，可引起急性結膜炎的發作，細菌可以通過多種媒介直接接觸結膜。在公共場所，如幼兒園、學校及家庭中迅速蔓延，導致流行，特別是在春秋二季。結膜炎致病菌有可能經呼吸道分泌物傳播。
