肝炎通常在發病4~8周后自發恢復。乙型病毒性肝炎的預后是否比甲型病毒性肝炎好尚未肯定，特別是老年病人和輸血后肝炎，其病死率高達10%~15%.丙型肝炎的病程不穩定，甚至有時轉氨酶水平高低波動可達數月或數年之久。
除了少數暴發性病例外，甲型肝炎幾乎都恢復，即使恢復后短期內又可能復發，不引起進展性慢性肝病或肝硬化。但在乙型肝炎病毒感染時，5%~10%的病人發生慢性肝病，包括輕度持續性肝炎，慢性活動性肝炎，并最終導致肝硬化，而且乙型肝炎病毒感染者均可發展成無癥狀的慢性病毒攜帶者。這種病毒攜帶狀態特別容易導致肝細胞癌。丙型肝炎轉變成慢性的可能性最大，高達75%~80%，但其最初的病情（反常地）相當輕。所致的慢性肝炎預后較好，常無臨床癥狀，在20%慢性HCV病人數十年后最終發展為肝硬化，HCV導致的肝硬化是肝細胞癌的危險因素，雖然在慢性HCV感染無肝硬化的病人中僅有少數病例發生肝腫瘤（不像HBV感染）。