在實際的產業化中，分子診斷儀器的通量往往至關重要。對于qPCR而言，由于引物設計的成熟和熒光通道的多樣性，往往可以比較好的實現高通量檢測。由于恒溫核酸擴增技術引物設計較為困難，單一的反應溫度會造成引物和模板，引物與引物之間的非特異性鏈接和擴增，使得恒溫擴增的檢測通量受到限制。但同時也得益于反應溫度的單一化，我們可以通過設計多個反應槽來彌補通量不足的遺憾。
過去幾十年間，若干恒溫核酸擴增技術發展迅速，如環介導恒溫擴增（LAMP）技術，鏈置換（SDA）恒溫擴增，解旋酶（HDA）DNA 恒溫擴增，重組酶聚合酶（RPA）擴增和切刻內切酶（NEAR）恒溫擴增。