1.抗生素的應用
抗生素的應用是治療心內膜炎最重要的措施。選擇抗生素要根據致病菌培養結果或對抗生素的敏感性。療程亦要足夠長，力求治愈，一般為4～6周。對臨床高度懷疑本病，而血培養反復陰性者，可憑經驗按腸球菌及金黃色葡萄球菌感染，選用大劑量青霉素和氨基糖甙類藥物治療2周，同時作血培養和血清學檢查，除外真菌、支原體、立克次體引起的感染。若無效，改用其他殺菌劑藥物，如萬古霉素和頭孢菌素。感染心內膜炎復發時，應再治療，且療程宜適當延長。
2.手術治療
下述情況需考慮手術治療：
（1）瓣膜穿孔、破裂、腱索離斷，發生難治性急性心力衰竭。
（2）人工瓣膜置換術后感染，內科治療不能控制。
（3）并發細菌性動脈瘤破裂或四肢大動脈栓塞。
（4）先天性心臟病發生感染性心內膜炎，經系統治療，仍不能控制時，手術應在加強支持療法和抗生素控制下盡早進行。