根據病程、有無全身中毒癥狀和其他臨床表現常將感染性心內膜炎分為急性和亞急性，但兩者有相當大的重疊性。
（1）急性感染性心內膜炎多發生于正常的心臟。病原菌通常是高毒力的細菌，如金葡菌或真菌。起病往往突然，伴高熱、寒戰，全身毒血癥癥狀明顯，常是全身嚴重感染的一部分，病程多急驟兇險，易掩蓋急性感染性心內膜炎的臨床癥狀。
（2）亞急性感染性心內膜炎多數起病緩慢，有全身不適、疲倦、低熱及體重減輕等非特異性癥狀。少數以并發癥形式起病，如栓塞、不能解釋的卒中、心瓣膜病的進行險加重、頑固性心力衰竭、腎小球腎炎和手術后出現心瓣膜雜音等。
（3）病史部分患者發病前有齲齒、扁桃體炎、靜脈插管、介入治療或心內手術史。