常發生心力衰竭、栓塞、轉移性膿腫和感染性動脈瘤等并發癥。
1.心力衰竭 急性感染性心內膜炎患者的二尖瓣和主動脈瓣最易受累，瓣膜損害嚴重，產生急性瓣膜閉合不全，可出現急性左心功能不全、肺水腫的表現。病變若累及叁尖瓣及肺動脈瓣，可出現右心衰的表現。若左、右心瓣膜均受累，可產生全心衰竭的征象。
2.栓塞 若贅生物脫落，帶菌的栓子可引起多發性栓塞。最常見的部位腦腎、脾和冠狀動脈，可產生相應臨床表現。
3.轉移性膿腫 急性感染性心內膜炎的贅生物易脫落，這些帶菌的栓子可隨血液到達身體的各個部位引起膿腫的形成。
4.感染性動脈瘤 多由于嚴重的感染，病原微生物侵蝕動脈壁彈性組織，導致動脈的局部擴張。發生于較小動脈的動脈瘤，預后較好，發生于較大動脈的動脈瘤一旦破裂預后較差。
5.栓塞性腎炎 在感染性心內膜炎病程中，腎臟可發生大小不等的栓塞，可并發栓塞性腎炎。尤其急性葡萄球菌性心內膜炎同時伴有全身的膿毒敗血癥，易導致腎臟發生多發性小膿腫，廣泛而嚴重的腎損害還可引起急進性腎炎并可發生腎衰竭。