慢性前列腺炎缺乏客觀的、特異性的診斷依據，臨床診斷時應與可能導致骨盆區域疼痛和排尿異常的疾病進行鑒別診斷，以排尿異常為主的患者應明確有無膀胱出口梗阻和膀胱功能異常。需要鑒別的疾病包括：良性前列腺增生、睪丸附睪和精索疾病、膀胱過度活動癥、神經源性膀胱、間質性膀胱炎、腺性膀胱炎、性傳播疾病、膀胱腫瘤、前列腺癌、肛門直腸疾病、腰椎疾病、中樞和外周神經病變等。患者經治療后癥狀無緩解，應根據具體情況，選擇進一步的檢查，除外上述疾病。
1.慢性附睪炎
陰囊、腹股溝部隱痛不適，類似CP。但慢性附睪炎附睪部可觸及結節，并伴輕度壓痛。
2.良性前列腺增生癥
大多在老年人群中發病；尿頻且伴有排尿困難，尿線變細，殘余尿增多；B超、直腸指檢可進行鑒別。
3.精囊炎
精囊炎和CP多同時發生，除有類似前列腺炎癥狀外，常有血精及射精疼痛的特點。
4.尿道炎
尿道炎表現為尿頻、尿急與尿痛。但前列腺炎有會陰部不適及墜脹等，且直腸指檢發現前列腺飽滿伴壓痛。
5.精索靜脈曲張
主要是精索靜脈回流受阻或靜脈瓣膜失效血液反流導致精索蔓狀靜脈叢迂曲、擴張，可有陰囊墜脹疼痛。通過觸診和超聲檢查，可確定診斷。