組織學上，腎小球表現多樣，可從正常至完全損壞.小管可能消失或萎縮，小管腔直徑各異，可顯示明顯的擴張伴均一性管型，產生如甲狀腺樣外觀.間質中含不同程度的炎性細胞和纖維化，無瘢痕區表現近似正常.
各種類型的慢性小管間質性腎炎存在一些共同的臨床表現.腎臟疾病的癥狀一般缺乏，水腫通常不存在，蛋白尿是微量的，血尿不常見，血壓正常或在早期僅輕度升高.當存在重度蛋白尿或明顯血尿時提示合并有腎小球疾病.小管功能障礙征象與急性小管間質性腎炎相似.5%~10%慢性腎衰（CRF）病例是由小管間質性腎炎引起的.
