慢性腸炎的原因有很多，如細菌、霉菌、病毒、原蟲等微生物感染，過敏、變態反應等原因所致。
另外，長期過度疲勞、情緒激動、過度精神緊張，加以營養不良，咀嚼障礙、胃酸缺乏、胃大部切除術后、腸道寄生蟲病等，均可導致疾病發作。
