臨床表現與急性腦膜炎相似,只是疾病的進展比較緩慢,不是若干天而是若干周.發熱可能很輕微.在新生物性腦膜炎中,常見頭痛,癡呆,背痛以及顱神經和周圍神經的癱瘓.可發生慢性交通性腦積水的并發癥.病程可進展加重,在數周至數月內導致死亡.
由于腦部癥狀緩慢演進,必須與腦部結構性病變作鑒別(例如腦腫瘤,腦膿腫,硬腦膜下積液).身體其他部位的活動性結核病灶,或原發的惡性腫瘤,都能提示疾病的病因,但必須作腦脊液檢查以便確定診斷,除非有腰穿的禁忌證.腦脊液的細胞計數一般＜1000/μl,以淋巴細胞為主；糖定量往往降低,而蛋白定量可有增高.在新生物性腦膜炎中,腦脊液發現包括淋巴細胞為主的細胞增多癥,糖定量降低,蛋白定量略增高,以及往往有顱壓的增高.在梅毒中,腦脊液發現與其他亞急性腦膜炎相似,但通常糖定量正常；血液及腦脊液VDRL試驗與梅毒血清試驗結果通常均陽性.
必須對腦脊液作顯微鏡檢或培養,以確定惡性細胞或致病菌.由于對大多數感染需要應用高度特異性的藥物作較長時期的治療,在治療開始之前對病原菌的精確識別至為重要.致病的真菌往往能在腦脊液離心后的沉淀中被找到；結核菌須經過抗酸染色與免疫熒光檢測.腫瘤細胞,結核菌以及某些真菌(例如曲霉菌)的檢測陽性率與送檢或培養的腦脊液容量有依賴關系.有時候可能需要30~50cc腦脊液(通過一系列的腰穿).