發病原因：慢性粒細胞白血病的病因仍未明確，但認為費城染色體與該病密切相關，大約有90至95%的病人出現費城染色體。
1、細胞動力學：
導致慢性粒細胞白血病的原因來自不同的因素，慢粒時全身粒細胞總量有明顯增加，而這種數量的增加并非由于白血病細胞的迅速分裂和增殖，亦不是因成熟障礙所致，是白血病細胞通過增殖池以及血中的時間延長，以白血病化的干細胞池擴大，正常造血干細胞池縮小導致大量細胞的積聚。
2、G6PD同工酶：
慢粒的克隆性質進一步亦為G6PD同工酶的研究所證實。已知G6PD的基因密碼子定位在X染色體上，在女性體細胞中二個G6PD調節基因僅其中之一處于活動狀態。作為G6PD雜合子的女性，體內應存在著二種細胞群體，即G6PDA和B同工酶。研究發現攜帶有G6PD同工酶的雜合子女性慢粒中，其粒細胞、單核細胞、紅細胞及淋巴細胞僅有一種A型或B型的G6PD同工酶，更進一步地提示慢粒的病變起源于多能干細胞水平上。
3、Ph1異常：
Ph1是CML的標志性染色體變化，由非隨機t(9；22)(q34；q11)形成。在9號染色體斷裂點上有c-abl基因，它的變異性可大于100kb。bcr基因位于22號染色體，是一個變異性很小的5.8kb DNA小片段，易位后22q-和9q結合部形成bcr/abl融合基因，編碼一個特異的210kb蛋白質(P210)，它是一種酪氨酸激酶，在腫瘤的發病中起作用。
4、脾臟因素：
要正確的認識到發生慢性粒細胞白血病的主要病因，脾臟在慢粒發病機理中所起的作用，雖尚未闡明，但許多實驗和臨床觀察表明脾臟有利于白血病細胞移居，增殖和急變。