凝膠遷移實驗在理論上很簡單也很快速，但要成功地進行凝膠遷移實驗，需要優化一些參數，這主要受結合蛋白的來源和探針結合位點特點的影響。以下是需要優化的因素：抽提液的制備（核酸酶和磷酸酶污染會使探針降解），結合蛋白的濃度，探針的濃度，非特異性探針的濃度，緩沖液的配方和pH，聚丙烯凝膠電泳的特點和電泳條件，保溫時間和溫度，載體蛋白，是否有輔助因子（比如鋅，或鎘等金屬離子，或激素）。
總之，反應總體積應最小（20μl）。為滿足一般要求，結合緩沖液含4%甘油，1mM
MgCl2，0.5mM EDTA，0.5mM DTT，50mM NaCl，10mM Tris-HCl（pH7.5）， 0.05mg/ml
poly dI:dC，或10mM HEPES（pH7.9）， 50mM KCl，1mM DTT， 1mM
EDTA，10%甘油，0.05mg/ml poly dI:dC可作為優化實驗的起始。