光譜分析儀的缺點：
1. 對于非金屬和界于金屬和非金屬之間的元素很難做到準確檢測。
2. 不是原始方法，不能作為仲裁分析方法，檢測結果不能做為國家認證依據。
3. 受各企業產品相對壟斷的因素，購買和維護成本都比較高，性價比較低。
4. 需要大量代表性樣品進行化學分析建模，對于小批量樣品檢測顯然不切實際。
5. 模型需要不斷更新，在儀器發生變化或者標準樣品發生變化時，模型也要變化。
6. 建模成本很高，測試成本也就比較大了，當然對于大量樣品檢測時，測試成本會下降。
7. 易受光學系統參數等外部或內部因素影響，經常出現曲線非線性問題，對檢測結果的準確度影響較大。