1、治療目的:明確診斷,除外惡性,長期試驗治療不可取；切除病灶,盡量減少卵巢的損傷,減少術后粘連；分離粘連,恢復解剖,助于妊娠；減輕癥狀,減少復發的可能。
2、治療原則:根據每個病人的具體情況進行個體化的手術治療。經腹腔鏡手術還是開腹手術取決于操作者的經驗和技術，不完全取決于患者的疾病期別。
子宮內膜異位癥手術治療通常有三種方式，即保留生育功能的手術，保留卵巢功能的手術和根治性手術。骶前神經切除術或骶骨韌帶切斷術，也為保守性手術的一部分，但其只能解決盆腔中線部位的疼痛，不能解決盆腔其他部位的疼痛。保守性手術雖然少有能治愈者，但畢竟改善了患者的生育機會，并且可以暫時緩解疼痛。保守性手術后約有25%的患者因為復發需要二次手術。復發率和病變程度及術后是否妊娠直接相關，術后妊娠者需再次手術的只有10%。
保留卵巢功能的手術包括子宮切除術，術后多數異位灶處于靜止狀態，術后復發需要再次手術的患者僅占5-10%。
根治性手術適用于內膜異位癥伴明顯直腸痛或消化道癥狀，盆腔外如肺、胸膜、肢體肌肉等子宮內膜異位癥，藥物和手術治療失敗者，保守性手術或子宮切除術治療失敗者，疼痛持續存在的病人或已經完成生育功能年近絕經的婦女。術后疼痛持續存在，可能與粘連、病灶存在及殘剩卵巢有關。
微創外科技術在內異癥治療中的地位顯得越來越重要。國外1997年已經開始使用機器人做腹腔鏡手術。國內外經驗均證明，腹腔鏡手術較開腹手術創傷小、恢復快、腹部瘢痕小、術后粘連輕，已成為公認的治療內異癥的最佳方法。各期內異癥均可以做手術手術，婦女有生育要求，而且其病變能解釋其疼痛癥狀和不孕原因時應行保守性手術。如果醫生可以做腹腔鏡下腸切除術和輸尿管吻合術，那么，腹腔鏡治療內異癥幾乎不再有禁忌證。國內多數醫院腹腔鏡技術尚不夠嫻熟，對估計有廣泛腸粘連、需行腸切除術或判定為很復雜的手術仍以開腹手術為宜。
3．推薦的內異癥病灶去除方法
（1）卵巢子宮內膜異位囊腫（異位囊腫）循證醫學資料證明，囊腫剝除術（strippingtechnique）臨床效果優于囊腫切開內壁電凝術，已經成為國內外公認的最佳手術方法。然而，囊腫剝除術式和技巧仍有待于改進與完善。近年來，無論是手術醫生還是助孕專家均十分關注囊腫剝除術對卵巢的形態與功能及生育力的影響。許多研究表明，囊腫剝除術常伴有正常卵巢組織丟失，在卵巢門處剝離囊腫時還會有生長卵泡丟失。囊腫剝除術后卵巢體積縮小，排卵功能暫時性喪失。促排卵處理后患側卵巢取卵數減少等。當然除剝離技巧外，過度電燒灼對卵巢的損傷也不容忽視。
（2）表淺腹膜內異癥病灶
較小時用電凝、汽化或切除，5mm以上時需使用連續汽化或切除術，連續燒灼可以由淺至深破壞病灶，直到看見正常無色素組織。
（3）深部浸潤型內異癥.