手術治療的指征為：
（1）腸套疊經空氣加壓灌腸等非手術復位未成功者。
（2）發病超過24～48小時，臨床疑有腸壞死者。
（3）復發性腸套疊，尤其發生于兒童者。
（4）成人腸套疊。
手術前應糾正脫水和電解質紊亂，禁食水、胃腸減壓，必要時采用退熱、吸氧、備血等措施。麻醉多采用全麻氣管插管。
較小嬰兒可采用上腹部橫切口，若經過灌腸已知腸套疊達到回盲部，也可采用麥氏切口。開腹后顯露腸套疊包塊，檢查有無腸壞死。如無腸壞死，用壓擠法沿結腸框進行腸套疊整復。腸套疊復位后要仔細檢查腸管有無壞死，腸壁有無破裂，腸管本身有無器質性病變等，如無上述征象，切除闌尾，將腸管納入腹腔，按層縫合腹壁。對不能復位及腸壞死的病例，應行壞死腸段切除吻合術。