經過正規抗癲癇藥物治療，仍有約20%～30%患者為藥物難治性癲癇。癲癇的外科手術治療為這一部分患者提供了一種新的治療手段，估計約有50%的藥物難治性癲癇患者可通過手術使發作得到控制或治愈，從一定程度上改善了難治性癲癇的預后。
手術適應癥
（1）藥物難治性癲癇，影響日常工作和生活者；
（2）對于部分性癲癇，癲癇源區定位明確，病灶單一而局限；
（3）手術治療不會引起重要功能缺失。
近年來癲癇外科實踐表明，一些疾病或綜合癥手術治療效果肯定，可積極爭取手術。如顳葉癲癇伴海馬硬化，若定位準確其有效率可達60%~90%。嬰幼兒或兒童的災難性癲癇如Rasmussen綜合征，其嚴重影響了大腦的發育，應積極手術，越早越好。其他如皮質發育畸形、良性低級別腫瘤、海綿狀血管瘤、動靜脈畸形、半身驚厥-偏癱-癲癇綜合征等均是手術治療較好的適應癥。
嚴格掌握手術適應癥是手術取得良好療效的前提。首先，患者必須是真正的藥物難治性癲癇。如果由于診斷錯誤、選藥不當或者服用所謂的“中藥”導致病情遷延不愈，而誤認為是難治性癲癇，進而手術，那是完全錯誤的。其次，有些癲癇患者誤以為癲癇是終身疾病，對抗癲癇藥的副作用過度恐懼和夸大，誤認為手術可以根治癲癇，而積極要求手術，對這部分病人，一定要慎重。第三，應該強調手術不是萬能的，并不是每一位患者手術治療后都能夠達到根除發作的目的。雖然藥物難治性癲癇的大部分通過手術可以使發作得到控制或治愈，尚有一部分難治性癲癇即使手術，效果也不理想，甚至還可能帶來一些新的問題。
術前定位
精確定位致癇灶和腦功能區是手術治療成功的關鍵。目前國內外學者一致認為，有關致癇灶和腦功能區的術前定位應采用綜合性診斷程序為宜，最常用和較好的方法是分期綜合評估，即初期（I期）的非侵襲性檢查和Ⅱ期的侵襲性檢查。非侵襲性檢查，包括病史收集及神經系統檢查、視頻頭皮EEG、頭顱MRI、CT、SPECT、 PET、 MRS、 fMRI、腦磁圖和特定的神經心理學檢查等。如果通過各種非侵襲性檢查仍不能精確定位，尚需侵襲性檢查，包括顱內硬膜下條狀或網狀電極和深部電極監測及誘發電位，Wada試驗等，以進一步定位致癇灶和腦功能區。