結腸損傷的處理原則為做好術前準備、早期手術、清除壞死腸段、干凈徹底沖洗腹腔及充分引流。對結腸損傷的處置，采取一期或二期手術至今仍有爭議。
近年來，已不像在第二次世界大戰中所規定的那樣結腸損傷必須作結腸造口術，因為對休克的處理、抗生素的應用都有新進展，受傷至手術時間也縮短，主張一期手術處理者逐漸增多。結腸手術方法的選擇應根據受傷部位、性質、就診時間、腹腔污染程度、病人一般狀態及有無其他合并傷而定。
結腸損傷的判定：開放性及醫源性結腸損傷術中容易判定。閉合性腹部損傷行剖腹探查時，應想到有否結腸損傷。根據腹內滲液懷疑有空腔臟器破裂，但胃、十二指腸及小腸未發現破裂時，應仔細檢查結腸。有順序地從盲腸開始，檢查升、橫、降及乙狀結腸。早期的腹膜外結腸損傷容易遺漏，對升、降結腸的后腹膜處有血腫時，應打開側腹膜，仔細檢查腹膜外結腸。