腸系膜靜脈血栓的治療包括抗凝治療和抗凝復合手術治療兩種。對急性或亞急性腸系膜缺血的病人，一經診斷即應馬上開始給予肝素治療。腸系膜上靜脈血栓形成的病人不是都需要手術探查，但有明確腹膜炎體征的病人須緊急手術。在術中如果腸系膜靜脈血栓形成的診斷得以確立，即應開始抗凝治療。由于缺血區腸管和正常腸管之間缺乏明確的界限，一味強調獲得正常的腸管斷端進行腸切除可能導致切除過多有生機的腸管。故對該病實施腸切除的態度應當更加謹慎，以盡可能保存有生機的腸管為原則。為避免切除過多可能存在生機的腸管，最好采取24小時后二次探查的方法。二次探查對于受累腸管廣泛且存在一定腸系膜血流的病人尤其適用。在某些情況下，也可選擇實施保守的腸切除后不進行腸管一期吻合，而將斷端拖出腹壁造口的方法，將造口作為觀察腸管生機的窗口，可以使一些條件較差的病人免于二次探查。少數情況下，如果血栓形成時間較短且局限于腸系膜上靜脈，可以進行血栓切除術。范圍更為廣泛的血栓，不宜實施取拴術。動脈痙攣是一種常見情況，通過聯合應用動脈內罌粟堿輸注、抗凝以及二次探查的方法，可以避免切除有可能恢復生機的缺血腸管。