主要用于抗生素控制不滿意時。輸卵管炎的手術指征有藥物治療無效、膿腫持續存在、膿腫破裂等。手術可以選擇經腹手術或腹腔鏡手術，以切除病灶為主。
膿腫形成后，全身應用抗生素效果不夠理想。如輸卵管、卵巢膿腫貼近后穹隆，陰道檢查后穹隆飽滿且有波動感，應行后穹隆穿刺，可經后穹隆切開排膿，放置橡皮管引流。如膿液黏稠不易抽出，可用含抗生素的生理鹽水稀釋，使逐漸變成血性血清樣物后易被吸出。一般經2～3次治療，膿腫即可消失。
如盆腔膿腫穿孔破入腹腔，往往同時有全身情況的變化，應立即輸液、輸血，矯正電解質紊亂，糾正休克，包括靜脈滴注抗生素和地塞米松等藥物。在糾正身體一般狀況的同時應盡速剖腹探查，清除膿液，盡可能切除膿腫。術畢，下腹兩側放置硅膠管引流。術后應用胃腸減壓及靜脈滴注廣譜抗生素，繼續糾正脫水及電解質紊亂，輸血，以提高身體抵抗力。