結石引起尿流梗阻已影響腎功能、或經非手術療法無效，無體外沖擊波碎石條件者，應考慮手術治療。
術前準備：術前必須了解雙側腎功能情況，有感染者先用抗菌素控制感染。輸尿管結石患者在進手術室前或在手術臺上術前攝尿路平片作結石的最后定位。
手術方式：根據結石大小、形狀和部位不同，常用的有以下幾種手術方式：
1．腎盂或腎竇切開取石術：切開腎盂、取出結石，鹿角狀結石或腎盞結石，有時須作腎竇內腎盂腎盞切開取石。
2．腎實質切開取石術：腎結石較大，不能經腎竇切開取石者，需切開腎實質取石。
3．腎部分切除術：適用于腎一極多發性結石（多在腎下極），或位于擴張而引流不暢的腎盞內，可將腎一極或腎盞連同結石一并切除。
4．腎切除術：一側腎結石并有嚴重腎積水或腎積膿，已使腎功能嚴重受損或喪失功能，而對側腎功能良好者，可行切除患腎。
5．輸尿管切開取石術：輸尿管結石直徑大于1厘米或結石嵌頓引起尿流梗阻或感染，經非手術療法無效者可行輸尿管切開取石術。
6．套石術:輸尿管中下段結石直徑小于0.6厘米,可試行經膀胱鏡用特制的套籃或導管套取。