1. 與其他疫苗同時接種
在臨床試驗階段未進行EV71疫苗同期（先、后或同時）接種其他疫苗時，對疫苗免疫原性、安全性等相互影響的研究。由于尚無EV71疫苗與其他疫苗同時接種的相關數據，故現階段暫不推薦EV71疫苗與其他疫苗同時接種，建議EV71疫苗與其他疫苗接種間隔2周以上。
2. 特殊人群接種
對于接受免疫抑制藥物的兒童，免疫抑制劑、化療藥物、抗代謝藥物、烷化劑、細胞毒素類藥物、皮質類固醇類藥物等可能會降低機體對本疫苗的免疫應答。對于免疫缺陷兒童（亦包括HIV感染兒童），接種EV71疫苗的有效性和安全性尚無數據，可在評估兒童感染EV71病毒風險后決定是否接種 。
3.不同企業疫苗的序貫接種
已上市企業的EV71疫苗均為兩劑次接種程序，尚無使用不同企業疫苗進行序貫接種的免疫原性、安全性的研究數據。現階段建議使用同一企業疫苗完成兩劑次接種，暫不建議使用不同企業疫苗完成接種程序。
4.暴露后預防
尚無該疫苗在兒童暴露于EV71感染病例后緊急接種是否可以預防發病的數據，也無針對疫情暴發時開展群體性應急接種的效果評價數據。若發現兒童暴露后，家長希望為兒童接種EV71疫苗，應對其接種后的發病風險或偶合發病的可能性進行充分告知。尚無法提出該疫苗用于群體性應急接種的建議。
5.公眾交流與信息傳播
HFMD是由多病原引起的癥候群，但重癥HFMD和相關死亡主要由EV71感染所致。 EV71疫苗只對EV71感染引起的HFMD具有保護作用，不能預防CV-A16或其他型別腸道病毒引起的HFMD。在與兒童監護人和公眾進行溝通交流時，要科學、客觀地告知和解釋疾病與疫苗保護效果的相關知識和信息。