實際上，儀器都存在機械和光學的缺陷，這就引起由線性計算所得的波長與實際波長之間有微小的系統偏差。該系統誤差在光譜中是隨機性的，因此在用儀器分析前，必須對它進行“波長校正”的程序。這個程序各種掃描光譜儀與軟件結合，其方式不同，但原理是一樣的。例如：以零級光譜為“參比線”，以空氣中C、O、N和Ar元素從短波段至長波段，對已知譜線的波長進行測定。通過儀器運行，計算機算出步進的距離。在測量過程中將誤差校正加在開始算出的步數上，以至于所需的分析波長能夠準確定位。當分析者提供分析元素與波長后，計算機可以通過驅動發動機，根據步進距離推算，進行自動測量。同樣，“波長校正”也可以在放置ICP光源后部安置汞燈，使用各波長區域的汞譜線進行校正。