1.掃描隧道顯徽鏡（STM）和原子力顯微鏡同其他顯微鏡相比具有分辨率高、工作環境要求低、待測樣品要求低、不需要重金屬投影等優點，所以它們觀察到的圖像更能直接反映樣品的原有特點。
2.借助于快速的計算機圖像采集系統時，STM和AFM還可以用來觀察細胞，亞細胞水平甚至是分子水平上的快速動態變化過程。
3. 掃描隧道顯微鏡（STM）和原子力顯微鏡（AFM）不僅可以用來對樣品進行精細成像，而且還可以對樣品進行精細加工，利用原子力顯微鏡（AFM）甚至可以把質粒DNA剪切成特殊的尺寸而與其序列無關。
這可能會產生分子克隆或DNA測序的新方法，由于掃描隧道顯微鏡（STM）和原子力顯微鏡（AFM）的眾多優點，它們已在物理學、生物化學、材料科學，生命科學、技術科學等眾多領域中得到廣泛的應用。