掃描電子顯微鏡看到的圖像是黑灰白，就像黑白電視機，通過襯度對比突顯出樣品結構，所謂彩色都是軟件加上去的偽彩色。這是由電子顯微鏡的工作原理決定的。
掃描電子顯微鏡常用兩種是透射電子顯微鏡和掃描電子顯微鏡。其鏡筒和樣品室都是密閉的真空環境，所謂光源是電子束。電子束通過電磁透鏡發生匯聚，透射電鏡是電子束穿透樣品，接受透射電子信號產生圖像；掃描電鏡是電子束達到樣品表面反射出的二次電子，背散射電子等信號成像。透射電鏡成像對樣品有厚度要求，否則電子無法穿透，樣品最厚不能超過200nm，一般生物樣品70-80nm，材料學樣品40-50nm，甚至更薄20nm左右。
生物樣品可以通過超薄切片機用鉆石刀進行切割，材料樣品依據不同材料性質選擇制樣手段，高分子材料一般用徠卡超薄切片機進行超薄切片，無機固體材料用徠卡離子減薄儀進行離子減薄。掃描電鏡對樣品尺寸沒有太大限制，但是也需要制樣，如果看表面結構，不導電的話，一般需要表面鍍膜處理，可以通過離子濺射噴鍍金或鉑金薄膜，或通過蒸鍍沉積鉑碳膜，徠卡提供專用鍍膜儀，可以精確控制鍍膜厚度。如果要用掃描電鏡看樣品內部結構，就需要采用工具解剖樣品，由于掃描電鏡放大倍數很高，一般可達數萬倍甚至五六十萬倍，有效的無應力切割或研磨拋光方式才能真正獲得無假象的圖像。徠卡有一款三離子束研磨儀，可以實現無應力切割或離子束拋光，可以獲得高質量的樣品內部結構信息。