1. 利用掃描透射電子顯微鏡可以觀察較厚的試樣和低襯度的試樣。
2. 利用掃描透射模式時物鏡的強激勵，可以實現微區衍射。
3. 利用后接能量分析器的方法可以分別收集和處理彈性散射和非彈性散射電子。
4. 進行高分辨分析、成像及生物大分子分析。
