掃描透射電子顯微鏡(scanning transmission electron microscopy，STEM)既有透射電子顯微鏡又有掃描電子顯微鏡的顯微鏡。STEM用電子束在樣品的表面掃描，通過電子穿透樣品成像。STEM技術要求較高，要非常高的真空度，并且電子學系統比TEM和SEM都要復雜。
