1. constant interaction mode
保持針尖和樣品表面相互作用(隧道電流之于STM，原子間作用力之于AFM)的值恒定，這個值一般與針尖和表面間距離相關。
當針尖在xy軸方向移動時，由于樣品表面起伏，為了保持電流或原子間作用力的值不變,探針(或樣品表面)會在z軸方向作出調整，運動軌跡可以形成反應表面拓撲性質的圖像。
2. constant height mode
保持針尖和樣品表面距離不變(z值不變)，隨著 針尖在xy軸方向運動，針尖和樣品表面的相互作用的值會發生變化,其數值經過轉化可以形成圖像反應表面結構。