抗體通過與相應抗原的特異性結合發揮生物學效應，最終的生理功能主要是抗感染，其作用機制右歸納為以下幾方面：
1.毒素中和作用當抗原為細菌外毒素時，抗原與抗體的結合可中和毒素對宿主的毒性作用。
當抗原為激素或酶類時，與抗體結合也可使其活性失活。
2.感染中和作用當病毒與相應抗體結合后，可失去其侵襲細胞的能力，不能進入宿主細胞進行增殖。
3.吞噬調理作用抗菌抗體與細菌結合后，雖不能直接將細胞殺滅，但可作為免疫調理素促進吞噬細胞對細菌的吞噬作用。
4.誘導溶菌作用IgG和IgM類抗體與細菌結合后，可激活補體的經典活化途徑裂解病原菌。
5.介導ADCCIgG類抗體還可介導NK細胞等產生ADCC效應，以殺傷病毒感染的靶細胞和惡變細胞。
在另一條件下，抗原抗體反應也可引起機體的組織損傷，例如引起超敏反應或自身免疫病。