抗原通常具有兩大特征，一個是本身能夠誘導機體產生抗體，誘發免疫反應，另一個是抗原抗體結合后發生免疫反應的能力。當衣原體具有這些抗原的特性時，就叫做衣原體抗原。衣原體抗原的檢測方法通常有以下幾種：
1、抗原檢測，也就是平常說的ELISA方法，這個方法在臨床中經常使用，具有對抗原敏感、簡便、快速的優點，不過會與細菌有交叉反應，因此可出現假陽性，尤其是鼻咽部標本。
2、核酸檢測，就是平常說的PCR方法，通過檢測衣原體的DNA，從標本中直接鑒定出衣原體的種類。
3、抗體檢測，生殖道感染且無并發癥患者，可產生低度的抗體，常用的方法有補體結合試驗、微量間接免疫熒光試驗、直接熒光抗體等方法。