聯合使用抗厭氧菌和需氧菌藥物是非常必要的。由于不同地區、不同醫院厭氧菌的耐藥譜不同，經驗用藥時要根據本地區、本實驗室的藥敏譜選藥。因此為提高療效，減少抗生素的毒副作用，最好根據藥敏試驗選擇藥物治療。
（1）抗厭氧菌類藥物主要為硝基咪唑類，包括甲硝唑和替硝唑等。因為價廉、副作用小、不易產生細菌耐藥，所以應用廣泛，其中甲硝唑使用最多。治療厭氧菌感染時，須采用分別對需氧菌和厭氧菌敏感的藥物，上述藥品一般與頭孢類藥物合用，提高療效。
甲硝唑對耐克林霉素的脆弱擬桿菌有效，并可避免克林霉素相關性偽膜性結腸炎，有關該藥潛在的致突變作用尚未見臨床后果，頭孢西丁和頭孢替旦對厭氧菌有廣泛的抗菌覆蓋面。甲硝唑、亞胺培南、美羅匹寧和β-內酰胺/β-內酰胺酶聯合應用，在體外試驗均顯示最好的抗菌作用。除甲硝唑外，所有這些藥物均可單獨使用，因為它們也有良好的抗需氧菌的作用。抗厭氧菌類藥物的副作用，主要是消化道反應，如惡心、嘔吐、頭痛、頭暈等。
（2）其他抗生素如青霉素、氯霉素、克林霉素、頭孢類、泰能等，也有抗厭氧菌的作用。但是這些藥物抗菌譜比較廣，容易導致菌群失調、霉菌感染等。