不同病原菌所使用抗生素不同，耶爾森菌感染的輕癥患者多為自限性，不必用抗生素治療，重癥或并發敗血癥者根據藥物敏感實驗選用，療程2～3天，該菌一般對氨基糖甙類抗生素、氯霉素、磺胺類和氟喹諾酮類等敏感。腸侵襲性、致病性或產腸毒素性大腸桿菌引起的腹瀉一般可選用氟喹諾酮類藥物口服，療程 3～5天。
艱難梭菌相關性腹瀉的輕癥患者停用抗生素即可使正常菌群恢復，癥狀緩解，如果停用抗生素后腹瀉持續，應當考慮選用針對艱難梭菌的抗生素。重癥患者，應立即予以有效抗生素治療。
AIDS相關性腹瀉治療應該及時早期足量應用抗菌藥物，如頭孢菌素及氟喹諾酮類藥物。