使用抗生素后腸道菌群紊亂是發生AAD的基礎，因此針對腸道菌群紊亂的檢查是診斷AAD的基本檢查。這類檢查包括：
（1）大便直接涂片革蘭染色觀察法。該法可以估計總細菌數和觀察各類細菌組成比例的大致情況，并由此判斷腸道菌群紊亂程度。該方法簡便快速，可直接發現腸道細菌量是否改變，革蘭陽性菌與陰性菌的比例是否失調，球菌和桿菌的比例是否失調，有無真菌。因此涂片檢查與培養結果對判斷AAD有一定的幫助，可提供臨床參考。
（2）腸道各種細菌定量培養法。選擇不同的培養基和不同方法對腸道細菌進行培養并計數和判斷菌群比例，但培養法費時費力且只能培養部分腸道細菌，不可能對腸道各種細菌進行培養計數。近年不斷興起和逐漸開展使用的分子生物學技術檢測分析腸道菌群為診斷腸道菌群紊亂和AAD提供了快速、準確的檢測方法，如PCR變性梯度凝膠電泳（PCR?DGGE）、PCR溫度梯度凝膠電泳（PCR?TGGE）、基因芯片等。