1、由于TPO與髓過氧化物酶可能存在交叉反應，因此，核周型抗嗜中性粒細胞胞質抗體（PANCA）陽性的病人，可能出現A-TM假陽性。
2、間接免疫熒光法僅為初篩實驗，結果陽性時應進一步用其他方法確認。
3、由于ELISA法敏感性高和聚苯乙烯反應質量不穩定，使結果重復性受一定影響。
4、某些正常人也有A-TG或A-TPO抗體，有0~15%的檢出率，但通常滴度較低，隨年齡增高而有增高傾向，女性高于男性，有研究表明甲狀腺自身抗體陽性是將來易患自身免疫性甲狀腺病的危險因子。
5、電化學發光免疫分析法測定A-TG、A-TPO不受黃疸（膽紅素小于0.66g/L），溶血(血紅蛋白小于15g/L)，脂血（脂質小于21g/L）和生物素（小于60ng/ml）等干擾，亦不受類風濕因子（1500U/ml）的干擾。
6、接受高質量生物素（大于5mg/d）治療的病人，至少要等到最后一次攝入生物素8h后方可采血。
7、待測血清不需要加熱滅活，各種標本、標準品和質控品液禁用疊氮鈉防腐。
8、根據試劑盒提供的參考值，各實驗室應結合自身情況，用固定的試劑盒建立自己的參考值范圍。