如果下肢動脈栓塞則可以出現間歇性跛行或壞疽。中樞神經系統受累還可有腦靜脈竇血栓形成、舞蹈癥、癲癇、多發性硬化性癡呆。36%左右的原發性抗磷脂抗體綜合征和48%的合并系統性紅斑狼瘡的抗磷脂抗體綜合征有心瓣膜病變。還偶見有報道小腸梗死及出血、微血管病性胰腺炎等。