APL抗體產生的原因以及抗體的形成機制仍在探討中。有試驗顯示，用病毒多肽、細菌多肽、異種β-GP1免疫動物可以誘導產生APL抗體、狼瘡抗凝物(1u-pusanticoagulant，LAC)并誘發出抗磷脂綜合征的一系列臨床表現。這種誘導出的APL抗體的特征類似自然形成的抗體。盡管研究提示APL抗體的產生可能與感染有關的，但缺乏直接的證據。APS有家族性，但至今未發現與其相關的HLA位點。60％～80％paps發生在女性，但未證實其與性激素有關的報道。總之，APS的病因仍然不清。
APL抗體能引起機體損傷，但是這些抗體在體內造成機體損傷的確切機制目前仍不清楚，可能與以下方面有關：
1．免疫反應機制
由于APL抗體與血栓形成、血小板減少及Coombs陽性溶血具有相關性，提示這些免疫球蛋白能與內皮細胞、血小板及紅細胞結合。有學者提出抗心磷脂抗體(anticardiolipinantibody，ACA)能與紅細胞膜上的Rh抗原結合。
2．前列腺環素降低引起血栓形成
研究發現，LAC可抑制前列環素釋放，而前列環素的減少可增加血小板的粘附作用，使血液處于高凝狀態，因此，APL抗體陽性患者易并發血栓形成；但并不是所有有血栓史的患者都有前列環素水平的變化，相反亦然。
3．內皮細胞在致病中的作用APL抗體能影響內皮細胞功能，從而影響血栓形成的調節蛋白-蛋白C-蛋白S抗凝通路。
4．血小板在致病中的作用
血小板在致病中也有一定作用，APL抗體可與血小板上的特定蛋白質結合，可以使血小板聚集功能異常或在體內活化障礙，并引起血栓。
5．補體在致病中的作用一些研究發現有抗磷脂抗體的患者體內C4水平降低。還有研究發現抗心磷脂抗體與Ⅰ型補體受體(CR1)數目降低相關，同時發現抗心磷脂抗體與紅細胞上結合的c4d和C3D數目增多有關。
6．凝血系統異常在致病中的作用
血管內皮細胞釋放的血管性假血友病因子(vWF)抗原在凝血過程中起一定作用，能促進血栓形成。有研究發現，在APL抗體陽性患者血清中vWF水平增高，血清補體C1q結合活性也增高。因此，APL抗體、C1q結合水平及vWF的相互作用是血栓形成的一個原因。APL抗體作用于凝血抑制物是另一種可能的發病機制。
7．β2糖蛋白1(β2GP1)在致病中的作用β2GP1是一種糖化程度很高的糖蛋白，是補體調控蛋白家族的一員，能與帶陰離子的磷脂、肝素、DNA、血小板和線粒體結合。它在體外可抑制接觸性凝血因子的活化，可與組織損傷或感染后進人血流的帶負電荷的大分子結合，因此減少了凝血過程不必要的活化。β2GP1還可抑制前凝血酶原激酶活性。在DIC時，由于凝血過程消耗，β2GP1水平降低。β2GP1也能抑制血小板聚集。β2GP1是APL結合蛋白，β2GP1與磷脂的結合位點是APL抗體的作用位點。在某些因素的作用下，磷脂成分移至血小板、內皮細胞、滋養層細胞膜外層，循環中的β2GP1與這些磷脂成分結合，APL抗體與β2GP1結合，并產生粘附分子，促使產生血栓。APL抗體可以誘導細胞凋亡，β2GP1可以促進凋亡。由梅毒螺旋體，HIV等感染誘導的非β2GP1依賴的APL，與血栓形成和流產無關。
綜上所述，盡管APL抗體的確切致病機制不清，但多數學者傾向于認為APL抗體在β2GP1的介導下與內皮細胞和(或)血小板細胞膜上的磷脂結合，破壞細胞的基本功能，如前列環素釋放、纖溶或內皮細胞的蛋白C、蛋白S通路或血小板聚集、活化等。