抗酸染色的原理：
分枝桿菌的細胞壁內含有大量的脂質，主要是分枝菌酸，它包圍在肽聚糖的外面，所以分枝桿菌一般不易著色，要經過加熱和延長染色時間來促使其著色。但分枝桿菌中的分枝菌酸與染料結合后，就很難被酸性脫色劑脫色，故名抗酸染色。
抗酸染色一般步驟（不同廠家出產的試劑盒會有不同，可見說明書）
1）初染
用玻片夾夾持涂片標本，滴加石炭酸復紅2-3滴，在火焰高處徐徐加熱，切勿沸騰，出現蒸汽即暫時離開，若染液蒸發減少，應再加染液，以免干涸，加熱3-5分鐘，待標本冷卻后用水沖洗。
2）脫色
3%鹽酸酒精脫色30秒~1分鐘；用水沖洗。
3）復染
用堿性美蘭溶液復染1分鐘，水洗，用吸水紙吸干后用油鏡觀察。
經過抗酸染色，分枝桿菌為紅色，而其他細菌及背景中的物質為藍色。