1.抗Sm抗體：
是SLE的血清標志抗體，陽性率30%～40%。陰性不能排除SLE的診斷。抗Sm抗體水平與SLE活動性沒有相關性，也不與臨床表現相關，治療后的SLE患者也可呈現抗Sm抗體陽性。
抗Sm抗體的檢測對早期或不典型的SLE以及治療后的SLE的回顧性診斷具有幫助。
2.抗Scl-70抗體：
幾乎僅見于進行性系統性硬化病（progressive systemic sclerosis，PSS），陽性率40%～60%，其他AID少見，是PSS的標志性抗體。正常人為陰性。
3.抗核RNP抗體：
高滴度的抗核RNP（nRNP）抗體是MCTD診斷的重要依據。因其抗原為含有U1RNA的核蛋白復合物，故稱U1RNP。
MCTD陽性率可高達95%。也可見于其他自身免疫性疾病。因為Sm與RNP為同一分子復合物（RNA-蛋白質顆粒）中的不同抗原位點，因此兩種抗原具有相關性，常伴隨出現，單一的抗Sm抗體陽性者較少見。
4.抗SSA／Ro／抗SSB／La：
是干燥綜合征（SS）最常見的自身抗體，抗SSB特異性較SSA高。
兩者同時檢測可提高SS的診斷率，抗SSA抗體也可見于SLE和其他自身免疫病，亞急性紅斑狼瘡患者、補體缺陷的SLE患者、新生兒狼瘡患者可以出現抗SSA抗體。
IgG類抗SSA抗體通過胎盤進入胎兒后，可引起新生兒狼瘡綜合征，出現典型的SLE皮損。抗SSA抗體與胎兒的心臟傳導系統結合，可以造成先天性心臟傳導阻滯。
5.抗Jo-1抗體：
最常見于多發性肌炎（polymyositis，PM）。在其他AID一般為陰性。PM與硬皮病重疊者陽性率較高。