真菌門最高等的一亞門。有性生殖產生擔子和擔孢子是本亞門的主要特征。約2萬多種，包括許多供食用和藥用的種類和誘發植物病害的有害種類，以及多種有毒種類。菌絲很發達，有橫隔。可分為初生菌絲和次生菌絲。初生菌絲由擔孢子萌發形成，經短期的多核階段即產生分隔，形成單核、多細胞的菌絲體。次生菌絲是初生菌絲經“ ”“-”性結合產生的雙核菌絲，每1細胞中含有2個不同性質的核。多數擔子菌的雙核菌絲通過形成鎖狀聯合產生新的雙核細胞，使次生菌絲生長中的每個細胞都含有兩個異質的核。大多數擔子菌的無性生殖不發達或不發生。其無性孢子因種而異，有的經菌絲體斷裂形成粉孢子，有的形成分生孢子或夏孢子（如銹菌目），有的進行芽殖（如黑粉菌目有的種）。有性生殖經雙核菌絲進一步發育為擔子，雙核在擔子內經核配和減數分裂形成擔孢子。擔孢子通常4個，著生在孢子梗上，為單倍體。擔子有棒狀、管狀、球形，擔子菌擔孢子形成過程示意圖分隔或不分隔，散生或聚集在擔子果（子實體）上。擔子果由雙核菌絲組成，也有多種類型。擔子及擔子果的特征均為分類的依據。根據擔子果的有無及類型，將擔子菌亞門分為冬孢菌綱、層菌綱及腹菌綱。冬孢菌綱不產生擔子果，包括銹菌目和黑粉菌目，均為侵染高等植物引起病害的寄生菌。層菌綱形成裸露的擔子果，根據其擔子是否分隔，又分為有隔擔子菌亞綱，主要有銀耳目、木耳目；無隔擔子菌亞綱，主要有多孔菌目、傘菌目。腹菌綱形成封閉的擔子果，稱為被擔子果，為較高級的擔子菌，如鬼筆目、馬勃目等。
銹菌目 （Uredinales） 均為侵染高等植物和蕨類植物的專性寄生菌，對農、林業危害極大。菌絲生長在寄主細胞內吸取營養，在莖葉表面形成各形孢子。其完全生活循環極復雜，可產生5種孢子：性孢子、銹孢子、夏孢子、冬孢子及擔孢子。性孢子著生在性孢子器上，代表配子階段；銹孢子著生在銹孢子器上，為質配或二倍體階段，孢子一般黃色或銹褐色；夏孢子著生在夏孢子器上，代表反復循環的無性生殖階段；冬孢子器內著生冬孢子，為生活循環的末期，在此階段發生配子結合及減數分裂；冬孢子于次春長出擔子和擔孢子。銹菌與寄主有嚴格的寄主-寄生體關系，某種銹菌僅寄生于某類寄主。已知約5000種，引起植物的各種銹病。
黑粉菌目 （Ustilginales） 亦為專性寄生，侵染多種單子葉、雙子葉植物，尤以寄生禾本科最多。病菌侵染寄主組織可形成腫大、癭瘤或斑點等癥狀。形成大量具有厚壁的厚垣孢子，呈黑粉狀。厚垣孢子為冬孢子，次春萌發產生分隔擔子，其上頂生或側生擔孢子。引起多種黑粉病，如小麥腥黑粉病、玉米黑粉病，危害嚴重。
銀耳屬 （Tremella） 屬于銀耳目。擔子果膠質，無柄，分瓣，卷曲成花朵狀，純白或微黃，半透明。擔子有隔，深埋于擔子果表層的子實層內。大多腐生，分布普遍。銀耳（T.fuciformis）為滋補食品，已普遍人工培養。
木耳屬 （Auricularia） 屬于銀耳目。擔子果膠質或僅表面膠質、耳狀、盤狀或杯狀，常呈紅褐色，擔子3隔，埋在子實體上表層內。干后皺縮，黑褐色，如食用木耳（A.auricula）。
多孔菌目 （Polyporales） 即非褶菌目（Aphyllophorales）。擔子果木質、革質或肉質、盤狀、馬蹄狀或貝殼狀等；無柄或有柄，柄側生或中央生長。擔子無隔。大多腐生在土壤、木材或枯枝落葉層中。少數寄生，包括某些滋補、藥用種類或木材腐生菌。如猴頭菌屬（Hericium），擔子果塊狀或分枝，肉質，產生朝下生長的刺，此屬的猴頭菌是珍貴的食用菌。靈芝屬（Ganoderma），擔子果木質，有柄，側生或近中央，菌蓋半圓或殼狀，表面有皮殼，紫色、紅色、紅褐色。著生闊葉樹上，常為多年生，供藥用，已普遍人工栽培。多孔菌目的藥用和食用菌還有豬苓、雷丸和茯苓等；另有多種木材腐朽菌，如層孔菌誘發許多闊葉樹和果樹的白色腐心病。
傘菌目 （Agaricales） 又稱蕈，即蘑菇。包括許多食用、藥用菌和毒菌，以及使木材腐朽的大型擔子菌。擔子果傘狀，大多肉質或近肉質，有各種顏色；菌柄生于中央或側生。擔子無隔，生于菌傘下面的菌摺或菌管中。擔孢子著生在小梗上，2～4枚。成熟的擔孢子被小梗強有力地彈出，因此在成熟的蘑菇周圍常形成環形的蘑菇圈。傘菌屬（Agaricus），又稱蘑菇屬。多生于草地或林區腐敗落葉層下的土壤中，包括多種食用菌，少數有毒。裁培種雙孢菇為優質食用菌。牛肝菌屬（Boletus），菌蓋厚、肉質；菌柄粗實，外觀常有細網紋。菌蓋下面形成菌管，有小孔開口向下，管內著生擔子及擔孢子。美味牛肝菌可食用或藥用。香菇屬（Lentinus），菌蓋半球形，后漸平展，肉質到革質；菌柄偏生到中生。本屬的香菇、口蘑、雞菌均為營養豐富的美味菜肴。小包菇屬（或稱包腳菇屬）的草菇，幼嫩擔子果由膜質的菌托與菌蓋相聯，呈蛋殼形，老熟后菌蓋開展，菌柄基部殘留膜質的菌托。野生于腐爛草堆中，我國南方普遍栽培，味鮮美。