拍擊式均質器是通過不斷的拍打,將樣品拍打擊碎,達到均質的目的。使用拍擊式均質器時,需要將樣品放入均質袋中進行,這就很大程度上避免了樣品間的交叉感染。適用范圍也比較廣,比如用于動物和植物組織、藻類、細菌、酵母、真菌或霉菌以及各類孢子體的破碎。不過比較常用于生物實驗方面。