1.電源線接上無菌均質器后面的插座并插入外接輸出電源插座，開啟電源開關,液晶顯示屏顯示出廠設置，無菌均質器自動處于待機狀態。
2.檢查確認無菌均質器門下沿凹槽，是否扣到均質箱底部的橫桿上，旋動開門把手，將門開至限大；準備好預處理的樣品，裝入無菌均質袋中。
3.均質袋下沿不低于錘擊板，均質袋口的邊緣露出門蓋，沿口不可起皺，然后轉動門開關，聽到“滴”聲后(此時液晶屏幕應顯示”關門”)，說明門已關上。此時門與上橫檔擠壓夾住均質袋，使之密封。
4.選擇好程序（如拍擊速度、拍擊時間等），開始拍擊勻質工作；勻質完畢后，打開均質器的門，取出處理好的樣品，暫放在樣品架上。左手拿住均質袋上緣，右手打開均質器門，取出均質袋，一次工作完畢。若樣品有污染，應用專用工具提取均質袋。
無菌均質器又叫拍打式均質器，或無菌均質機。無菌均質器使從固體樣品中提取細菌的過程變得非常簡單，只需將樣品和稀釋液加入到無菌的樣品袋中，然后將樣品袋放入拍擊式均質器中即可完成樣品的處理。有效地分離被包含在固體樣品內部和表面的微生物均一樣品，確保無菌袋中混合全部的樣品。處理后的樣品溶液可以直接進行取樣和分析，沒有樣品的變化和交叉污染的危險。
儀器的應用范圍：食品微生物分析；動物組織、生物樣品、化妝品的均質處理；肉、魚、蔬菜、水果、餅干等。