許多藥物經由干擾拓樸異構酶以產生療效。例如廣效氟化奎林酮類（fluoroquinolone）抗生素能夠破壞細菌第二型拓撲異構酶的機能。
另外還有一些化學治療藥物能干擾癌細胞的拓撲異構酶作用，進而抑制細胞生長，或使細胞死亡：
第一型：可利用愛萊諾迪肯（irinotecan；商品名Campto，抗癌妥） 第二型：可利用依托泊甙（替尼泊甙（teniposide；依托泊苷）進行抑制。
